讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物且不说这些人是怎么在议论陈源，卫剑雄的飞车里，卫剑雄已经用腕仪拨通了夏草的电话，当他在电话里询问夏草，她是不是隐瞒了陈源的实力的时候，电话那头的夏草就感到奇怪，当下就问他何出此言。的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
